El 25 de julio de 1524 el conquistador español don Pedro de Alvarado fundó la ciudad de Santiago en Iximché, hoy Tecpán Chimaltenango. El constante ataque de los cakchiqueles obligó a los hispanos a instalarse provisionalmente en Olintepeque, Quetzaltenango y luego en Comalapa Chimaltenango.
El 22 de noviembre de 1527 el capitán Jorge de Alvarado, en ausencia de su
hermano Pedro de Alvarado, estableció la ciudad en el Valle de Almolonga, la que el 10 de septiembre de 1541 fue arrasada por una fuerte correntada que bajo del volcán de Agua, en cuyas faldas se asentaba la ciudad, lo que obligó a su inmediato traslado al Valle de Panchoy, hoy Antigua Guatemala.
Aquí floreció la ciudad de Santiago de Goathemala, sede de la Capitanía General del Reyno, por más de 200 años conociendo no pocas veces la furia implacable de la naturaleza que la destruyo en varias ocasiones.
El terremoto de San Casimiro acaecido en 1751, por ejemplo, destruyó el edificio del Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino en el que se albergaba la Universidad de San Carlos, creada por Cédula Real el 31 de enero de 1676, por Carlos II, a la que posteriormente, en 1687, el Papa Inocencio XI le confirió el título de Real y Pontificia.
En 1758 el Rector de Seminario de la Asunción (Colegio Tridentino) ofreció un sitio para su nueva construcción. El edificio se concluyó el 4 de junio de 1768, bajo la dirección del Arquitecto Mayor Luis Diez de Navarro.
Con el terremoto del 29 de julio de 1773, el edificio no sufrió daños mayores, solo perdió el techo del Salón Mayor y algunos detalles de la fachada, por lo que la Universidad siguió funcionando allí hasta el año 1777, en que se abandonó el edificio y se trasladó a la Nueva Guatemala.
Al resurgir la ciudad con el regreso de numerosos vecinos se procedió a su descombramiento, abriéndose sus puertas para que desempeñara diversas funciones; inicialmente y, por espacio de varios años como templo parroquial debido a la destrucción del templo catedralicio. Sucesivamente se ha instalado en este edificio: escuelas para niños y obreros, bibliotecas populares y numerosas exposiciones departamentales, pocos meses antes de constituirse en Museo se abrió una Sala de Arte Antiguo.