En 1875 se creó el museo de la Sociedad Económica de Amigos del País, primero al que se le pudo considerar de carácter nacional por corresponder a la época independiente, se inauguró el 7 de enero de 1866 con la presencia de funcionarios de gobierno y representantes de la iglesia. (Luján L. y S Mérida, 1955).

El museo funcionó en la entrada principal del edificio de la Sociedad Económica de Amigos del País hasta 1881, cuando ésta fue suprimida por decreto gubernativo, sus colecciones pasaron a formar parte del Museo de Historia Natural de la Universidad de San Carlos (Lujan Muñoz, L, 1971). Para ese entonces el museo era de índole general e incluyó no sólo objetos arqueológicos y etnológicos, sino también mineralogía y otros.

En 1871, el gobierno emitió un decreto para la creación de un museo nacional, siendo éste realmente el principio del Museo Nacional de Guatemala que funcionó hasta los años de 1917-1918, cuando lo destruyó un terremoto.  

En ese momento se hizo conciencia de su necesidad en el país y como consecuencia, en 1931 tuvo su origen el actual Museo nacional de Arqueología y Etnología ubicado en la antigua iglesia de El Calvario, en la ciudad capital (Luján Muñoz, L. 1971).    El Museo nacional se trasladó al Parque la Aurora y se inauguró en el salón principal en junio de 1931. Entre sus colecciones se encontraban diversos objetos arqueológicos provenientes de varios sitios del país, algunos de ellos producto de excavaciones controladas realizadas por proyectos extranjeros.

Debido a problemas en el salón donde estaban ubicadas las instalaciones, en 1947 se trasladó al lugar que actualmente ocupa en el Edificio No 5, Finca la Aurora, zona 13. Las instalaciones fueron arregladas, y se abrió al público en septiembre de 1948.